1、倾世皇妃最后结局是馥雅离开了孟祈佑去周国找赵匡胤借兵，孟祈佑为了馥雅放弃了皇位，追随她而去，途径楚国，马度云为了抢兵书，又设计将孟祈佑打伤，后馥雅遇到了埋伏，孟祈佑为了救馥雅身负重伤，坠入河中。

2、馥雅在马度云寝宫看到了孟祈佑的兵书，和被他折磨的不成人样的刘连思，她终于决定杀了马度云，后，她把兵书交给了赵匡胤让他统一中原，自己策马扬鞭而去，到了相思湖。

3、最后的结局很奇妙，就是馥雅听到了一阵笛声，走进竹林看到了孟祈佑，两人携手湖边……不知是不是她的幻想。